痛经的特点是，一般多在月经前1-2天开始，出现下腹坠痛或腰骶部坠胀，肛门胀憋有排便感，经期第二天达高峰。痛经严重者在床上翻滚，以至影响学习和工作。约有50%的患者由于卵巢受损，激素分泌失调，可发生月经紊乱、经期延长、经血量增多。约有30%的患者因子宫内膜异位于输卵管，导致经血排出不畅形成输卵管黏连，以至造成婚后不孕。
如果子宫内膜异位侵及直肠，在经期前后粪便通过直肠时疼痛难忍。若病变深达直肠黏膜，月经可有直肠出血(便血)。子宫内膜异位于膀胱，可以出现周期性尿痛、尿频、血尿等。发生在腹膜、腹壁疤痕的子宫内膜异位，可有周期性局部疼痛、肿快逐渐性加重。卵巢是子宫内膜异位最常见的部位，由于周期性出血，使卵巢肿大，形成内膜出血性囊肿。其囊肿表面由一层较厚的纤维囊壁包绕，内含棕黑色黏稠陈旧性的血液。下腹部剧痛为其突出症状。
治疗子宫内膜异位症，首先要就医检查，医生将根据患者的年龄、症状轻重、病灶的部位范围、对生育的需求与否而决定治疗的方法。轻度子宫内膜异位症以服药治疗。另外，服用活血化瘀、理气止痛的中药，可辅佐治疗，减轻症状。
痛经症状严重，检查时能触摸到包块的患者，可考虑手术，。若经妇科检查发现是由于先天性殖道畸形，如阴道横膈、始基残角子宫、宫颈管闭锁、后天性阴道炎、宫颈黏连等所引起的经血外流受阻时，也应及时手术治疗，以免潴留的经血流入腹腔。
对尚未生育过的女士来说，医生在为其行手术时尽管保留其生育功能。手术时尽量切净病灶，要保留患者的子宫及卵巢，备于受孕。
针对病因进行预防是防止子宫内膜异位的关键，如果能避免子宫内膜细胞通过血、淋巴播散或直接播散，就可以预防子宫内膜异位症。